Composé de 25 membres venus d'Eglises de toutes les régions, le Comité exécutif du COE est présidé par président du Comité central du COE. Dans ses réunions bisannuelles, le Comité supervise les activités en cours ainsi que l'application du budget du Conseil, et se penche sur les questions qui lui sont soumises par le Comité central.