Actualmente, la CMME está dividida en tres grupos de trabajo. Cada uno de ellos se reúne normalmente una vez al año y está acompañado por un miembro del personal de la CMME.
Teología para la misión
El Grupo de Trabajo sobre Teología para la Misión fue creado durante la reunión de la comisión de 2019, con el mandato de ocuparse de temas teológicos planteados por la Conferencia Mundial sobre Misión y Evangelización celebrada en Arusha en 2018. Su tarea principal es acompañar teológicamente la labor de la comisión hasta la próxima Asamblea del CMI de 2021 y después de ésta. El grupo de trabajo está integrado por diez miembros de la comisión con procedencias culturales y denominacionales diversas, que representan a la comunidad mundial más amplia. Su trabajo, sus funciones y sus representaciones fortalecen las relaciones con las iglesias miembros del CMI y los organismos afiliados a la CMME.
Evangelización/Discipulado transformado y transformador
El Grupo de Trabajo sobre Discipulado Transformado y Transformador (conocido anteriormente como Grupo de Trabajo sobre Evangelización) fue creado durante la reunión de la comisión de 2015. Este grupo de trabajo tiene el mandato de acompañar la labor de la comisión sobre el discipulado hasta la próxima Asamblea del CMI de 2021. Está integrado por diez miembros de la comisión y cuenta con expertos adicionales invitados. Todos ellos representan a la comunidad mundial más amplia al proceder de muchas denominaciones y contextos culturales, lo cual fortalece las relaciones con las iglesias miembros del CMI y los organismos afiliados a la CMME.
La misión desde los márgenes significa afirmar la capacidad de los marginados, participar en sus luchas y compartir sus esperanzas, superar las tendencias excluyentes, y resistir y confrontar las fuerzas de marginación y exclusión en nuestros contextos específicos. Por consiguiente, el programa Misión desde los Márgenes facilita la reflexión y el análisis teológicos en común, la sensibilización, la acción y la comunicación en y desde los márgenes con la esperanza de alentar y transformar las iglesias y las sociedades para que sean más justas, receptivas e incluyentes.