Desde que se creó después de la devastación de la Segunda Guerra Mundial, el CMI ha considerado que la promoción de la paz es inseparable de las medidas de desarme internacionales, regionales y nacionales. Por ello, plantea las preocupaciones ecuménicas y aboga a varios niveles de la gobernanza nacional e internacional por el desarme nuclear, el control de la proliferación de otras armas de destrucción masiva, la responsabilidad bajo el imperio de la ley en el plano internacional y el cumplimiento de las obligaciones dimanadas de los tratados.
En los últimos setenta años, las iglesias se han unido para denunciar la destrucción causada por todos los tipos de armas, y para abogar por prohibiciones completas o restricciones de su empleo. Se ha adoptado recientemente el Tratado sobre la Prohibición de las Armas Nucleares, pero se enfrenta a una fuerte oposición de los Estados que creen que necesitan estas armas por su propia seguridad. Otros ámbitos cruciales incluyen las armas ligeras, los sistemas de armas autónomos y las minas terrestres.
El CMI promueve estas cuestiones colaborando con las iglesias para generar movimientos en sus países destinados a concienciar a los ciudadanos sobre los peligros de estas armas y exhortar a sus gobiernos a que se desarmen.