Cada año, un nuevo grupo de jóvenes de diferentes regiones y de iglesias de diferentes denominaciones trabajan en las distintas áreas programáticas del CMI como pasantes. Además de trabajar en los distintos proyectos, los pasantes participan en sesiones de formación ecuménica y en visitas de exposición que les ayudan a comprender el movimiento ecuménico más amplio.
Las pasantías permiten poner las contribuciones de los jóvenes al servicio de la vida y la labor del CMI, así como dotar a los jóvenes de herramientas para continuar con la labor ecuménica en sus propios contextos. Esto permite reforzar la labor ecuménica en el ámbito local y regional, puesto que los pasantes se convierten en multiplicadores y comparten la experiencia adquirida durante su pasantía y sus perspectivas con los miembros de sus comunidades.
Tras haber completado el ciclo de pasantía de un año en Ginebra, se les pide a los pasantes que realicen otra pasantía de seis meses, auspiciada por la iglesia que les envía, en sus contextos locales.
Se alienta a las iglesias miembros a que expresen su interés en el programa de pasantías del CMI poniéndose en contacto con el programa de juventud del CMI.