Le Comité central élit vingt personnes parmi ses membres pour constituer le Comité exécutif du COE, aux côtés des membres du Bureau du Comité central - président, deux vice-présidents, secrétaire général - et des présidents des Comités du programme et des finances.

Dans ses réunions bisannuelles, le Comité exécutif se borne à prendre des décisions sur les questions qui lui sont soumises par le Comité central, sauf en cas d'urgences imprévisibles qui exigeraient des décisions provisoires immédiates. Il nomme le personnel de programme, supervise les activités en cours ainsi que l'application du budget approuvé par le Comité central.

Comité exécutif élu en 2006

Le Comité exécutif de 25 personnes élu par la 9^e Assemblée du COE à Porto Alegre en février 2006 s'est réuni pour la première fois à l'Institut œcuménique de Bossey, près de Genève, du 16 au 19 mai 2006. Composé de membres venus d'Eglises de toutes les régions, il est présidé par le pasteur Walter Altmann, Brésil.

Au cours de cette première réunion, le Comité a approuvé de nouvelles orientations de programme pour le COE ainsi que les grandes lignes de ses activités pour les années à venir. La planification du programme prévoit six domaines: le COE et le mouvement œcuménique au 21^e siècle; unité, mission, évangélisation et spiritualité; témoignage public; justice, diaconie et responsabilité pour la création; éducation et formation œcuménique; coopération et dialogue interreligieux.