L'Assemblée, "organe législatif suprême" du COE, se réunit tous les sept ans. Elle a pour fonctions officielles d'examiner les programmes et de déterminer les grandes orientations du Conseil, d'élire les présidents de celui-ci ainsi que les membres du Comité central, auquel sont déléguées les fonctions de l'Assemblée entre deux réunions de celle-ci.

A côté des travaux des comités et des séances administratives, les assemblées sont aussi des occasions de célébration et de partage pour les milliers de personnes qui y participent, soit comme délégués, soit comme visiteurs.

Pour tous les participants, la vie cultuelle joue un grand rôle dans une assemblée: ils ont l'occasion de se rassembler pour prier et méditer en puisant dans les multiples expériences des Eglises du monde entier.

La 9ème Assemblée du COE, qui se tenait à Porto Alegre, Brésil, du 14 au 23 février 2006, ötait une intense période de rencontre, de prière et de célébration – lors des offices du matin et du soir, des 90 groupes d’étude biblique, et dans les quelques 200 ateliers et animations qui constituaient le mutirão parallèle à l’Assemblée. Sur un autre plan, le travail de fond mené par l’Assemblée sur les thèmes de réflexion et d’actualité, les structures et les relations, aura sans doute un impact à long terme sur la communauté du COE et sur le mouvement œcuménique en général.

Comme ils l’avaient fait au début de l’Assemblée, les participants ont prié à la fin : "Transforme le monde, Dieu, dans ta grâce". Le message final a fait écho à cette prière, qui constituait également le thème de l’Assemblée : "Transforme-nous afin que, nous offrant nous-mêmes, nous devenions tes partenaires, recherchant l’unité complète et visible de l’Eglise une de Jésus Christ, devenant les prochains de tous, dans l’attente et le désir de la pleine révélation de ton règne, par la venue d’un nouveau ciel et d’une nouvelle terre."

Un demi-siècle après la fondation officielle du COE, ses Eglises membres renouvelèrent leur engagement à demeurer ensemble, tandis que les délégués promettaient de rester solidaires de leurs hôtes africains.

L'Assemblée décida de mettre sur pied une Commission spéciale sur la participation des orthodoxes au COE. Elle approuva la création d'un Forum des Eglises chrétiennes et des organisations œcuméniques qui s'adresserait à des milieux beaucoup plus larges que celui des Eglises membres du COE.

Dans le cadre d'un Padare de trois jours, les délégués et les visiteurs purent participer à plus de 600 débats sur des sujets allant du dialogue entre évangéliques et orthodoxes à la sexualité humaine. L'Assemblée fut précédée par un Festival de la Décennie des Eglises solidaires des femmes.