Willem A. Visser 't Hooft (1948-1966)
(*1900 Haarlem, Pays-Bas; †1985 Genève, Suisse)
Eglise protestante des Pays-Bas / Eglise réformée, Genève
Responsable chrétien brillant et visionnaire, le Néerlandais Willem Visser 't Hooft fut choisi pour être le secrétaire général du COE lors de la réunion de 1938 où fut décidée la formation du COE et occupa ce poste jusqu'à sa retraite en 1966. La volonté de rattacher le mouvement œcuménique aux formes fondamentales de l'Eglise au cours des siècles figurait au centre de ses préoccupations. En 1968, la 4e Assemblée le nomma président d'honneur du COE.
Eugene Carson Blake (1966-1972)
(*1906 St. Louis, Missouri, USA; †1985, Stamford, Connecticut, USA)
Eglise presbytérienne unie des Etats-Unis
Eugene Carson Blake fut secrétaire général du COE de 1966 à 1972. Auparavant, cet administrateur et responsable œcuménique remarquable avait été à la tête de l'Eglise presbytérienne unie des Etats-Unis, avant de présider le Conseil national des Eglises de ce même pays. Ardent défenseur des droits civiques, il contribua à la mise en œuvre du Programme de lutte contre le racisme.
Philip A. Potter (1972-1984)
(*1921 Roseau, Dominique)
Eglise méthodiste
Philip A. Potter, pasteur, missionnaire et responsable de jeunesse né sur l'île antillaise de la Dominique, fut secrétaire général du COE de 1972 à 1984. Remarquable orateur et animateur d'études bibliques, il mit l'accent sur l'unité fondamentale du témoignage et du service chrétiens et sur le lien entre la foi et l'action.
Emilio Castro (1985-1992)
(*1927, Uruguay)
Eglise évangélique méthodiste d'Uruguay
Emilio Castro, pasteur et théologien méthodiste uruguayen, fut directeur de la Commission de mission et d'évangélisation du COE avant d'être élu secrétaire général de 1985 à 1992. Il se fit remarquer parmi les responsables réformés d'Amérique latine par l'éloquence de ses prédications et ses conceptions progressistes du christianisme et de l'ordre social.
Konrad Raiser (1993-2003)
(*1938 Magdeburg, Allemagne)
Eglise évangélique d'Allemagne (EKD)
Konrad Raiser, théologien luthérien, fut secrétaire général du COE de 1993 à 2003. Il a pu qualifier sa vocation œcuménique de "seconde conversion". Au cours d'une période où le mouvement œcuménique traversa quelques turbulences, il amena le Conseil à redéfinir sa conception et sa vision communes et mit en œuvre un réexamen fondamental de la participation des Eglises membres orthodoxes.
Samuel Kobia (dès 2004)
(*1947 Miathene, Kenya)
Eglise méthodiste du Kenya
Samuel Kobia, pasteur de l'Eglise méthodiste du Kenya, est secrétaire général du COE depuis janvier 2004. Lors de son élection, il invita les Eglises à "œuvrer sans relâche à la guérison du monde et à la restauration de la dignité humaine".