Le COE invite les Eglises à s'appeler mutuellement à l'unité visible, à collaborer en vue d'une mission plus fidèle dans le monde et à approfondir les dimensions spirituelles de leur vie. Sachant qu'il s'agit là de domaines reliés entre eux, il s'efforce de procéder d'une façon intégrée. 

Ce programme traite les thèmes de l'unité, de la mission, de l'évangélisation et de la spiritualité au travers notamment de la Commission de Foi et constitution du COE, de la Commission de mission et d'évangélisation et de réseaux oecuméniques oeuvrant dans les domaines suivants: racisme, migrations et droits et besoins des populations autochtones, des dalits et des personnes handicapées. Ces organismes assurent la liaison avec de nombreuses organisations et Eglises membres et non membres travaillant dans ces domaines.