Le Comité central est élu par l'Assemblée, qui choisit ses membres parmi ses délégués. Il constitue l'organe législatif suprême du COE entre deux Assemblées et se réunit tous les 12 à 18 mois. Il est responsable de l'exécution de la politique adoptée par l'Assemblée, passe en revue et supervise les programmes du COE et adopte le budget de celui-ci. L'Assemblée élit également les président(e)s du COE, membres du Comité central. Le Comité exécutif (y compris le Bureau) est élu par le Comité central et se réunit en général deux fois par année. Le secrétaire général est ex officio secrétaire des Comités exécutif et central.

Lors de sa session du 13 au 20 février 2008, le Comité central a choisi le lieu où se tiendra le Rassemblement oecuménique international pour la paix de 2011, progressé sur la voie de l'élargissement de l'Assemblée, accueilli de nouvelles Eglises, nommé le Comité de sélection d'un nouveau secrétaire général et célébré le 60e anniversaire du Conseil. Le Comité central a également adopté un certain nombre de déclarations publiques, de lignes directrices et de plans de programme.

Site web du Comité central 2008

Le Comité central élu en février 2006 par la 9^e Assemblée de Porto Alegre s'est réuni pour la première fois à Genève du 30 août au 6 septembre 2006. Il a adopté la planification des programmes ainsi que de nouvelles structures pour le COE et nommé plusieurs organes consultatifs. 

Site web du Comité central de 2006

En février 2005, le Comité central du COE s'est réuni pour la dernière fois avant la 9^e Assemblée qui devait se dérouler en 2006 à Porto Alegre. La préparation de l'Assemblée impliquait aussi de réfléchir à l'avenir d'un Conseil doté de nouvelles structures qui "ferait moins de choses, mais les ferait bien" et une communauté fraternelle d'Eglises profondément ancrée dans la spiritualité.

Le Comité a adopté un modèle de prise de décisions par consensus qui permettra aux membres des organes directeurs du Conseil d'opérer dans un esprit d'écoute et de respect des diverses opinions, sans qu'il y ait ni gagnants ni perdants. Dans une série de déclarations publiques, les membres du Comité central ont rappelé leurs responsabilités aux dirigeants politiques et ecclésiastiques dans la lutte mondiale contre la violence et l'injustice.

Site web du Comité central de 2005