La direction de l'Institut est assurée par le professeur Ioan Sauca, théologien et prêtre de l'Eglise orthodoxe de Roumanie, lui-même ancien étudiant de Bossey. 

Le principal domaine de recherche de Ioan Sauca est la théologie systématique, et notamment les questions concernant la missiologie et la spiritualité dans le contexte actuel. Il s'intéresse plus particulièrement au dialogue entre les religions, à la formation œcuménique et aux rencontres interconfessionnelles qui enrichissent l'unité visible de l'Eglise. Sauca a publié plusieurs livres, des études et des articles, a organisé des programmes de recherche et des séminaires internationaux; il continue à enseigner et à encadrer des étudiants qui rédigent leurs travaux de master ou leurs thèses de doctorat. 

Le professeur Sauca est titulaire d'un Ph.D. en missiologie de l'Université de Birmingham, Grande-Bretagne, où il a soutenu sa thèse sur «Les conséquences missionnaires de l'ecclésiologie orthodoxe». En Roumanie, il a enseigné la missiologie et l'œcuménisme à la Faculté de théologie de Sibiu. En 1990, il devint chancelier du Patriarcat orthodoxe roumain, chargé plus particulièrement des relations œcuméniques, de la presse et des communications, ainsi que de la formation théologique.

Dès 1994, il a travaillé au Conseil œcuménique des Eglises en tant que secrétaire exécutif aux Etudes orthodoxes et aux relations dans la mission. En 1998, il fut nommé professeur de missiologie à l'Institut œcuménique, dont il devint directeur en 2001; à fin 2006, il s'est vu confier en outre au COE la responsabilité d'autres domaines relatifs à l'éducation et à la formation œcuménique. 

Né en 1956 à Valea Mare, Roumanie, Ioan Sauca a été ordonné prêtre en 1988. Il est marié et père de deux enfants. 

Les directeurs de l'Institut œcuménique:

2001- Ioan Sauca (Orthodoxe, Roumanie)

1997-2001 Heidi Hadsell (Presbytérienne, USA)

1989-97 Jacques Nicole (Protestant, Suisse)

1989-90 Samuel Amirtham (Anglican, Inde)

1983-89 Adriaan Geense (Protestant, Pays-Bas)

1978-83 Karl Hertz (Luthérien, USA)

1974-80 John Mbiti (Anglican, Kenya)

1966-74 Nikos Nissiotis (Orthodoxe, Grèce)

1955-66 Hans-Heinrich Wolf (Luthérien, Allemagne)

1946-55 Hendrik Kraemer (Protestant, Pays-Bas)