El comité central es elegido por la asamblea de entre sus delegados y actúa como principal órgano rector del CMI hasta la siguiente asamblea, reuniéndose cada 12 a 18 meses. Tiene la responsabilidad de la aplicación de las políticas adoptadas por la asamblea, examinar y supervisar los programas del CMI y aprobar su presupuesto. La asamblea elige los presidentes del CMI, que actúan como miembros del comité central. El comité ejecutivo (incluida la mesa) es elegido por el comité central y normalmente se reúne dos veces al año. El secretario general del CMI es secretario ex oficio de los comités central y ejecutivo.

El Comité Central del CMI clausuró su reunión celebrada del 13 al 20 de febrero, después de haber elegido el lugar para la Convocatoria Ecuménica Internacional por la Paz de 2011; dio nuevos pasos hacia la ampliación de la Asamblea del CMI; acogió nuevas iglesias miembros; nombró un comité de búsqueda para designar un nuevo secretario general y celebró el 60º aniversario del Consejo. El Comité aprobó también varias declaraciones públicas, asuntos de política y planes del programa.

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La reunión del comité central de 2006 (Ginebra, 30 de agosto – 6 de septiembre de 2006) fue la primera celebrada por el nuevo comité, elegido en febrero de 2006 en la Novena Asamblea de Porto Alegre, Brasil. Decidió los planes del programa y una estructura orgánica renovada, y nombró una serie de órganos asesores.

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En febrero de 2005, el comité central del CMI se reunió por última vez antes de la Novena Asamblea del Consejo, que se celebró en Porto Alegre en 2006. Para el comité central, la preparación de la asamblea significaba también prever el futuro, con un CMI reformado "haciendo menos, pero haciéndolo bien", y una comunidad de iglesias arraigadas profundamente en la espiritualidad.

El comité adoptó un modelo de consenso para la toma de decisiones, que ayudará a los miembros de los órganos de gobierno del CMI a crecer en un espíritu de escucha y respeto de las opiniones diferentes, en vez de considerarse ganadores o perdedores. En una serie de declaraciones públicas, los miembros del comité central del CMI recordaron a los líderes eclesiales y a los políticos sus responsabilidades en la superación de la violencia y la injusticia en el mundo.

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