La Asamblea es el "órgano legislativo supremo" del CMI y se reúne cada siete años. La finalidad formal de la Asamblea es examinar los programas y determinar las políticas generales del CMI, así como elegir los presidentes y nombrar un Comité Central que actúa como principal órgano rector del CMI hasta la siguiente asamblea.

Además de los trabajos de los comités y las sesiones administrativas para los delegados, la asamblea es también un tiempo de celebración y de comunicación para los muchos miles de otros visitantes del acontecimiento.

Un elemento central para todos los participantes en la asamblea son las celebraciones religiosas, en las que la comunidad se reúne para orar y meditar, inspirándose en las diversas experiencias espirituales de las iglesias de todo el mundo.

La 10 ª Asamblea del Consejo Mundial de Iglesias tendrá lugar en Busan, Corea del Sur, en 2013.

La IX Asamblea del CMI sesionó en Porto Alegre, Brasil, del 14 al 23 de febrero de 2006, fue una de las reuniones más representativas de los cristianos que jamás se haya conocido: más de 4.000 participantes de organizaciones y grupos ecuménicos, delegados de 348 iglesias miembros, observadores y visitantes de todo el mundo.

Al finalizar la IX Asamblea, los participants oraron, com lo habían hecho al comenzar este evento de diez días de duración: "Dios, en tu gracia, transforma al mundo". La oración - que fue también el tema de la Asamblea - fue tomada por el mensaje de la Asamblea que finaliza diciendo: Haznos ofrenda de nosotros mismos, para que podamos ser tus colaboradores en la transformación, a fin de empeñarnos en la búsqueda de la plena unidad visible de la Iglesia una de Jesucristo, y que seamos prójimos de todos, en la expectativa ansiosa de la plena revelación de tu reino, de la venida de un nuevo cielo y una nueva tierra.

Medio siglo después de la fundación oficial del CMI, sus iglesias miembros renovaron su compromiso de mantenerse unidas, y los delegados prometieron permanecer en solidariedad con sus anfitriones africanos.

La Asamblea decidió establecer una comisión sobre la participación de las iglesias Ortodoxas en el CMI. Apoyó la creación de un "Foro de Iglesias Cristianas y Organizaciones Ecuménicas" que ampliara el alcance ecuménico mucho más allá del ámbito de las iglesias miembros del CMI.

Los delegados y visitantes en la asamblea participaron en más de 600 contribuciones a un "Padare" de tres días, en el que se trataron temas que variaban desde el diálogo evangélico - ortodoxo hasta la sexualidad humana. Anteriormente se celebró un Festival del decenio de las iglesias en solidaridad con las mujeres.